Nors manoma, kad probiotikai yra naudingi sveikatai, kai kuriems žmonėms pradinis šių mikroorganizmų nurijimas gali sukelti daugybę nemalonių simptomų. Pirmą kartą vartojant probiotikus, kai kuriems žmonėms gali pasireikšti tokie simptomai kaip pilvo pūtimas, viduriavimas, galvos skausmas, karščiavimas, raumenų skausmas, smegenų rūkas ir galbūt nerimas. Manoma, kad šie simptomai yra atsakas į organizme vykstančius pokyčius, tokius kaip galimų patogenų išnykimas arba žarnyno reakcijų suaktyvėjimas – reiškinys, kartais vadinamas „Herksheimerio reakcija“.
Herxheimer reakcija yra pradinė reakcija, kuri paprastai rodo, kad kūnas prisitaiko prie naujos mikrobinės aplinkos. Taip gali nutikti dėl to, kad probiotikai sąveikauja su esama mikrobų bendruomene, sukeldami bakterijų mirtį arba metabolitų, sukeliančių šiuos simptomus, išsiskyrimą. Nors ir nemaloni, ši reakcija dažniausiai būna trumpalaikė ir greitai praeina. Tai gali būti laikoma kūno homeostazės proceso dalimi.
Paprastai tai paveikia tik nedidelį skaičių žmonių, simptomai yra lengvi ir trunka tik nuo kelių dienų iki kelių savaičių. Jei dėl šių simptomų jaučiatės nepatogiai, galite sumažinti dozę arba kelioms dienoms nustoti vartoti prieš bandydami dar kartą; jei šie simptomai išlieka ilgiau nei kelias savaites, nustokite vartoti; jei atsiranda dusulys, gerklės veržimas, dilgėlinė ar kiti alerginės reakcijos simptomai, nedelsdami nutraukite jo vartojimą. Norint sumažinti šalutinio poveikio tikimybę, ypač tiems, kurių virškinimo sistema jautri, išmintinga pradėti nuo nedidelio kiekio probiotikų, o vėliau dozę didinti per kelias savaites.
Probiotikus reikia vartoti ypač atsargiai tiems, kuriems yra sunkus imuniteto trūkumas, nes retais atvejais probiotikų nurijimas gali sukelti infekciją. Taip yra todėl, kad imuninė sistema negali veiksmingai kontroliuoti mikroorganizmų dauginimosi organizme, todėl kyla infekcijos pavojus.
Kai kurie žmonės gali turėti alerginių reakcijų į tam tikrų tipų probiotikus, ypač mieles, susijusias su Saccharomyces boulardii. Kiti probiotikų tipai, tokie kaip laktobacilos, paprastai nesukelia alerginių reakcijų.
Kai kurie probiotikai virškinamajame trakte gali gaminti histaminą. Per didelis histamino išsiskyrimas gali sukelti tokius simptomus kaip niežulys, padidėjęs ašarų susidarymas, sloga, pasunkėjęs kvėpavimas, paraudimas ir patinimas, ypač tiems, kurie netoleruoja histamino. Venkite šių probiotikų padermių, kad išvengtumėte diskomforto.